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martes, 19 de abril de 2022

dyld: Biblioteca no cargada: @rpath/libdeflate.so

Soy un usuario de Mac con sistema operativo, macOS Mojave 10.14.6. Instalé bcftools en mi entorno conda py3.9 (Python 3.9). El siguiente código es mi línea de comando de instalación:

conda install -c bioconda bcftools 

pero cuando trato de usarlo, el shell me dice que hay algo mal con él.

dyld: Library not loaded: @rpath/libdeflate.so
Referenced from: /opt/anaconda3/envs/py3.9/bin/bcftools
Reason: image not found
Abort trap: 6

cuando fui por la ruta (/opt/anaconda3/envs/py3.9/bin/bcftools), descubrí que solo hay un archivo binario. Espero que alguien me pueda ayudar, gracias!


Solución del problema

Bioconda tiene requisitos de canal muy específicos, es decir, crea paquetes utilizando compilaciones de Conda Forge, no Anaconda ( valores predeterminados ). El comando de instalación ad hoc correcto para los paquetes de Bioconda es:

conda install -c conda-forge -c bioconda -c defaults bcftools

Sin embargo, si tiene una base Anaconda (a diferencia de Miniforge), generalmente no es una buena idea priorizar el canal conda-forge al instalar en la base (puede generar muchos cambios de canal y soluciones largas). En su lugar, cree un nuevo entorno y configúrelo para usar los canales correctos:

# create new environment
conda create -n my_env
# activate environment
conda activate my_env
# set channels for environment
conda config --env --add channels defaults
conda config --env --add channels bioconda
conda config --env --add channels conda-forge
# no need to use ad hoc `-c` flags
conda install bcftools

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